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Facturation transport 2025 : digitalisation, conformité et performance logistique

Published on 17 November, 2025
Last Updated 17 November, 2025
12 min
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Les coûts logistiques représentent jusqu'à 15 % du chiffre d'affaires des entreprises industrielles. La transformation digitale du secteur et l’obligation prochaine de la facturation électronique font du logiciel de facturation transport un levier stratégique majeur.
En 2025, les entreprises doivent repenser leurs processus pour rester compétitives et conformes aux nouvelles normes.

 

Les fondamentaux de la facturation transport

Qu’est-ce qu’une facture de transport ?

Une facture de transport émane d’une société qui propose des prestations de transport. Cela peut concerner un industriel qui vend des marchandises et facture aussi leur livraison, mais il s’agit le plus souvent d’entreprises logistiques, spécialisées dans le transport. On parle ici de transporteurs bien sûr, mais également de commissionnaires de transports (affréteurs), aptes à gérer les flux multimodaux.

 

De quoi est composée une facture de transport ?

Aujourd’hui, les logiciels de facturation transport modernes reposent sur des échanges de données standardisés.
Les intégrations EDI et API permettent une transmission automatique des données entre les transporteurs, les clients et les systèmes internes.
Cette interopérabilité avec les TMS (Transport Management Systems), WMS (Warehouse Management Systems) et ERP garantit la cohérence des flux d’informations et la fiabilité des calculs tarifaires.
Les solutions performantes détectent également les anomalies tarifaires en temps réel et proposent des reportings automatisés pour améliorer le suivi et la prise de décision.

Certains de ces coûts sont prévisibles, cela va dépendre du déroulé du voyage et de ses impondérables. Par exemple, si la marchandise reste bloquée en douane parce que vous avez omis ou mal rempli un document d’accompagnement, les frais d’immobilisation du véhicule ou les frais de stockage vous seront répercutés, en sus du montant du transport initial. De même pour le transport maritime, des frais de surestaries peuvent s’appliquer si vous ne récupérez pas la marchandise débarquée assez rapidement.


Mais de manière générale, les factures transport comprennent d’abord le trajet réalisé, souvent calculé selon les kilomètres parcourus, notamment dans le transport routier. Il faut ensuite compter les frais de dossier, l’établissement des documents douaniers à l’international, l’assurance ad valorem quand il y a une valeur déclarée, et bien sûr la surcharge carburant, en pied de facture.

 

Quelles sont les spécificités relatives au secteur du transport ?

Parmi les spécificités propres au domaine du transport, on trouve :

  • Les taxes
  • La surcharge carburant
  • Les frais de péage et de route
  • Les surcharges liées à la distance et au temps 
  • Les frais d’urgence 
  • Les frais d’assurance 
  • Les frais liés aux réglementations spécifiques 
  • Les frais liés à des événements particuliers

 

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Enjeux et défis de la facturation dans le transport

L’un des enjeux de la facturation transport concerne la gestion de la surcharge carburant, qui occupe une place importante. Le fait que les prix du carburant soient sujets à de fortes variations constitue l’un des principaux défis pour les entreprises de transport, entraînant un impact significatif sur leurs coûts opérationnels. Pour faire face à cette instabilité, les transporteurs instaurent des mécanismes de gestion de la surcharge carburant, en ajustant régulièrement leurs tarifs, reflétant ainsi les fluctuations du marché. Notez cependant que les transporteurs ne sont pas libres de choisir leur taux de surcharge. Ils doivent se référer à l’indice CNR, qui suit l’évolution mensuelle du cours de pétrole.

Explosion des coûts logistiques

Entre 2021 et 2023, les coûts de transport ont augmenté en moyenne de 16,4%.
À cette inflation structurelle s’ajoutent la volatilité du carburant et la pénurie de conducteurs. Dans ce contexte, la maîtrise des coûts de facturation devient un levier de compétitivité.
Les directions financières recherchent désormais des solutions capables d’identifier les anomalies tarifaires, d’optimiser les grilles de prix et de réduire les coûts administratifs de 10 à 25 % en moyenne.

Conformité réglementaire 2026

La généralisation de la facturation électronique deviendra obligatoire pour toutes les entreprises françaises d’ici 2026, quelle que soit leur taille.
Se conformer aux standards européens Peppol et Factur-X permettra de fluidifier les échanges internationaux et d’éviter toute non-conformité.
Les entreprises qui anticipent cette transition profiteront d’un avantage concurrentiel significatif et réduiront leurs délais de traitement.



Digitalisation et compétitivité

La digitalisation de la facturation ne se limite plus à la dématérialisation : elle transforme les processus logistiques en profondeur.
Les entreprises ayant automatisé leurs traitements constatent une réduction de 70 % des litiges, une accélération moyenne des paiements de 15 jours, et une amélioration de 18 % de la satisfaction client.


D’autres défis attendent les entreprises de transport, en particulier la digitalisation et l’automatisation des processus de facturation. La transformation numérique offre des opportunités considérables pour simplifier et optimiser la gestion de la facturation transport. L’automatisation de tâches manuelles, la dématérialisation des factures et l’utilisation de solutions de gestion de transport spécialisées peuvent permettre aux entreprises de gagner en efficacité, de réduire les coûts et minimiser les risques d’erreurs.



À quoi ressemble un processus de facturation ?

Les étapes clés pour facturer une prestation de transport

La première étape d’une facturation correcte commence par une communication précise avec le client. Voici les points à définir, afin de permettre le calcul du prix de transport, et qui figureront aussi sur la facture finale :

  • Les lieux de départ et d’arrivée, avec les codes postaux, noms des villes et des destinataires 
  • Les dates de réalisation souhaitées 
  • L’incoterm 
  • La quantité d’unités de manutention, avec leurs dimensions et poids 
  • Le volume de l’expédition 
  • Les frais de documents douaniers 
  • Le coût de l’assurance ad valorem, avec sa valeur déclarée 
  • Les différentes taxes, droits, etc. 
  • La surcharge carburant 
  • L’éco participation 
  • La contribution sanitaire 
  • Les montants hors taxes et TTC.

La facture est établie avec tous les éléments ci-dessus, mais pour être réglée, elle doit être accompagnée d’un document obligatoire : la lettre de voiture (ou CMR dans le cadre d’un transport international). Cette lettre de voiture constitue la preuve que la livraison a bien été faite car elle a été émargée par le destinataire.

Les solutions logicielles de nouvelle génération automatisent ces étapes : génération des factures, validation, intégration comptable et archivage électronique.
Ces automatisations permettent de gagner en fiabilité et d’assurer la conformité avec les normes de facturation électronique.

 

La digitalisation de la facturation

La réglementation française va obliger les entreprises à transmettre leurs factures de façon numérique. Les entreprises de transport peuvent en tirer des bénéfices, car en adoptant des solutions numériques, elles peuvent simplifier et accélérer la gestion des factures. Les avantages sont nombreux : réduction des risques d’erreurs, rapidité de transmission et donc de traitement, automatisation des tâches répétitives, etc. Ces solutions libèrent ainsi du temps et des ressources pour se concentrer sur d’autres aspects de l’activité. Notez également que la digitalisation offre une traçabilité et une transparence accrues, permettant aux clients de suivre en temps réel le statut de leurs factures et de leurs paiements.

En 2025, la digitalisation ne se limite plus à la numérisation des documents.
Les logiciels les plus avancés intègrent des connecteurs EDI/API pour une transmission fluide entre les systèmes internes et externes.
L’interopérabilité avec les TMS, WMS et ERP permet un partage automatique des données de transport, de facturation et de comptabilité.
Ces intégrations garantissent la cohérence des flux financiers et réduisent considérablement les tâches manuelles.

Les solutions leaders du marché garantissent un retour sur investissement en moins de 18 mois, grâce à une réduction de 10 à 25 % des coûts administratifs.
Le traitement automatisé des litiges et le reporting en temps réel renforcent la performance opérationnelle.
La conformité RGPD et la certification ISO 27001 assurent la sécurité des données sensibles.

Afin de mettre en œuvre la digitalisation de la facturation, il est nécessaire d’adopter des logiciels spécialisés ou des plateformes en lignes dédiées à la gestion des transactions. Le logiciel le plus utilisé reste le TMS (Transport Management System) qui englobe toutes les activités qui entourent le transport, y compris la documentation et la facturation. Cet outil permet de créer, envoyer et suivre les factures de manière efficace, tout en facilitant la communication avec les clients. La sécurisation des données est renforcée grâce à des mesures de protection avancées, réduisant les risques de fraudes ou de pertes d’informations sensibles.


Comment intégrer la facturation en comptabilité ?

L’intégration de la facturation en comptabilité dans le secteur du transport assure une gestion financière efficace et précise. Lors de la saisie d’une facture transport dans les comptes, plusieurs étapes doivent être suivies et plusieurs éléments correctement renseignés. Du point de vue de l’achat, la facture transport doit être enregistrée dans les comptes fournisseurs, alors que du point de vue de la vente, elle entre dans les comptes clients.

Factures transport : quoi saisir ?

Voici les informations à saisir dans le logiciel de comptabilité dans le cadre d’un achat de transport :

  • Numéro de facture : pour identifier la facture de manière unique ;
  • Date de la facture : date d’émission de la facture ;
  • Nom du fournisseur : entreprise qui a fourni la prestation de transport ;
  • Montant HT de la facture : total des prestations hors taxes ;
  • Taux de TVA applicable : attention ce taux peut différer selon qu’on se trouve en transport national ou international :
  • Montant de la TVA : calculé d’après le taux de TVA ;
  • Montant TTC de la facture : total des prestation toutes taxes comprises ;
  • Détail des prestations : quantité, dimensions, lieux de prise en charge et de livraison, etc. ;
  • Compte de charge à utiliser : compte comptable auquel imputer la dépense de transport (par exemple, “625 - Achats de transports de marchandises”).

Mais, lorsque vous vendez une prestation de transport, les éléments à enregistrer sont à peu près les mêmes qu’à l’achat, sauf ceux-ci :

  • Nom du client : entreprise qui a reçu la prestation de transport ;
  • Compte de charge à utiliser : compte comptable auquel imputer la dépense de transport (par exemple, “706 - Ventes de transports de marchandises”).

Dématérialisation : fluidité et automatisation des processus comptables

Il y a un impact significatif de la dématérialisation sur ces processus comptables. Cette méthode présente des avantages certains en termes d’efficacité, de traçabilité et de réduction des cours. En remplaçant les factures papier par des factures électroniques, les entreprises de transport simplifient et accélèrent le processus de saisie comptable. Cela leur permet de réduire les délais de traitement et les risques d’erreurs. En outre, cette dématérialisation offre une gestion plus efficace des documents, en facilitant leur stockage, leur recherche et leur archivage. Leur sécurité est accrue, car les factures électroniques sont sécurisées et infalsifiables. C’est un moyen d’améliorer la productivité des équipes comptables et de réduire les coûts associés à la gestion des documents papier.


Les solutions de facturation transport modernes s’intègrent nativement avec les logiciels comptables tels que SAP, Oracle, Microsoft Dynamics ou Cegid.
Grâce à des API REST et connecteurs préconfigurés, les données sont synchronisées automatiquement, supprimant la ressaisie manuelle.


Les formats Factur-X et Peppol BIS assurent la compatibilité européenne et la pérennité des échanges électroniques.



Pourquoi Shiptify permet une facturation transport efficace ?

Parmi les solutions digitales de référence, Shiptify se distingue par son approche unifiée de la facturation transport.
Sa plateforme SaaS intègre les fonctions essentielles d’un TMS tout en centralisant la facturation, le suivi et le contrôle des coûts.

Shiptify propose une solution digitale pour la gestion logistique des entreprises (ETI et grands groupes). Logiciel dédié à l’efficacité opérationnelle des flux de marchandises, son interface unique offre la gestion et le pilotage multi-transporteur avec son segment TMS, et la gestion des quais et des rendez-vous en entrepôt avec la partie maîtrise de l’activité. La solution développée par Shiptify répond aux enjeux modernes de la facturation dans le transport grâce à des fonctionnalités précises.

Centralisation et automatisation des processus de facturation

Shiptify centralise l’ensemble des factures de transport en un seul endroit, permettant ainsi une gestion et un contrôle simplifiés, avec un suivi en temps réel, afin de garder une vue d’ensemble sur les différents statuts des dossiers de facturation. L’automatisation de tâches répétitives, telles que la saisie des données et le calcul des prix, libère du temps pour les équipes et réduit les risques d’erreurs.

Comparaison et choix rapide des offres de transporteurs

Shiptify permet de lancer plusieurs consultations de transporteurs simultanément. Le but est de recevoir des réponses aux appels d’offres et pouvoir comparer les prix, les délais ou les conditions entre les prestataires.

Simplification des contrôles de factures avec des données centralisées

Grâce à la centralisation des données, Shiptify simplifie considérablement les contrôles de factures. Les équipes peuvent facilement identifier les écarts de prix, vérifier la conformité des factures et les approuver en quelques clics.

Les fonctionnalités spécifiques de Shiptify pour une gestion optimale des factures transport

  • Gestion des différents statuts de dossiers facturation : Non Valorisé, À vérifier, Écart, Bloqué, et Vérifié, chacun indiquant une étape du processus de facturation, de la tarification manquante à la vérification finale d’une facture.
  • Gestion des écarts de prix : Shiptify facilite la gestion des écarts de prix, avec la possibilité d’accepter ou de refuser cet écart, avec des procédures spécifiques pour chaque choix.
  • Regroupement d’ordres de transport : Shiptify permet de regrouper plusieurs ordres de transport sur une seule facture, facilitant le contrôle puis la gestion. Il est également possible d’établir une pré-facture pour validation du client avant la facturation définitive.
  • Modification des coûts de transport : Shiptify autorise la modification des coûts de transport en cas de nécessité opérationnelle, avec, par exemple, l’ajout de coûts accessoires. Le logiciel s’occupe également de gérer les indices mensuels, et la fluctuation de la surcharge carburant.

Grâce à cette approche complète, Shiptify transforme la facturation transport en un levier de performance financière et opérationnelle.
Les entreprises clientes constatent une réduction des erreurs de facturation, une accélération du traitement administratif, et une meilleure visibilité sur leurs coûts logistiques.

En combinant automatisation, conformité et intégration, Shiptify illustre parfaitement la transition vers la facturation transport intelligente.

La transformation digitale de la facturation transport représente un impératif stratégique pour 2026.
Les entreprises qui adoptent dès maintenant des solutions conformes, intégrées et sécurisées transformeront une contrainte réglementaire en avantage compétitif durable.
Entre conformité, performance et agilité, la digitalisation devient le moteur d’une logistique plus rentable et plus transparente.

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FAQ Les questions fréquentes
quel est le délai moyen de déploiement d’un logiciel de facturation transport ?

entre 3 et 6 mois pour une pme, et jusqu’à 18 mois pour une grande entreprise selon le niveau d’intégration (tms, erp…).

la facturation électronique devient-elle obligatoire pour toutes les entreprises ?

oui. elle sera généralisée en france d’ici 2026 pour toutes les tailles d’entreprise, conformément à la réforme de la facturation électronique.

quels sont les principaux bénéfices d’un logiciel de facturation transport ?

réduction des coûts administratifs (jusqu’à 25 %), suppression des erreurs de saisie, gain de trésorerie, conformité légale et visibilité temps réel sur les flux.

quels standards techniques sont incontournables en 2025 ?

les formats factur-x et peppol bis, ainsi que les interfaces edi et api rest sécurisées avec authentification oauth2.

comment mesurer le roi d’une solution de facturation transport ?

il s’évalue via les gains de temps, la diminution des litiges et l’amélioration du bfr (jusqu’à 15 jours de trésorerie en moyenne).

 

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